ศัตรูของสัตว์ทะเลมีมากมาย นับตั้งแต่ศัตรูตามธรรมชาติซึ่งได้แก่สัตว์ทะเลด้วยกันเอง สิ่งแวดล้อมเป็นพิษ แหล่งอาหารและถิ่นอาศัยถูกทำลาย จนถึงมนุษย์ทั้งหมดนี้ล้วนแล้วแต่สามารถทำลายสัตว์ทะเลให้ล้มตายหมดไปครั้งละมาก ๆ

ศัตรูตามธรรมชาติ

ศัตรูตามธรรมชาติของสัตว์ทะเลอย่างแรก ได้แก่ สัตว์ทะเลด้วยกันเอง ในทะเลนั้นมีสิ่งมีชีวิตทั้งพืชและสัตว์ขนาดเล็กมากเป็นจำนวนนับล้าน ๆ สัตว์และพืชเหล่านี้เป็นอาหารของสิ่งมีชีวิตที่มีขนาดใหญ่กว่านั้นขึ้นไป แต่มีจำนวนน้อยกว่า สัตว์และพืชขนาดใหญ่ขึ้นมานี้เป็นอาหารของสิ่งมีชีวิตที่มีขนาดใหญ่กว่า แต่จะจำนวนน้อยกว่าขึ้นไปอีก อันดับท้ายสุดของสิ่งมีชีวิตในทะเลก็คือปลาและสัตว์ทะเลขนาดใหญ่มาก ที่มีจำนวนเพียงเล็กน้อย ปลาและสัตว์ทะเลขนาดใหญ่มากเหล่านั้นจะมีชีวิตอยู่ไม่ได้เลย ถ้าไม่มีสัตว์ทะเลและพืชทะเลขนาดรอง ๆ ลงไป การที่สิ่งมีชีวิตในทะเลกินต่อกันไปเป็นทอด ๆ เช่นนี้ เรียกว่า โซ่อาหาร และคำพังเพยของไทยที่ว่า "ปลาใหญ่กินปลาเล็ก" ก็เป็นคำพังเพยที่ตรงกับความเป็นจริงในทะเลนอกจากสัตว์ทะเลด้วยกันแล้ว ภัยธรรมชาติก็เป็นสาเหตุอีกอย่างหนึ่งที่ทำให้สัตว์ทะเลมีจำนวนลดน้อยลงด้วยเช่นกัน การแปรปรวนของอากาศซึ่งบางครั้งทำให้เกิดพายุใหญ่ คลื่นจัด อาจทำลายถิ่นที่อยู่อาศัย ทำลายอาหาร และทำให้สัตว์ทะเลต้องบาดเจ็บล้มตายลงได้คราวละมาก ๆ

สิ่งแวดล้อมเป็นพิษ

อันตรายร้ายแรงที่สุดที่เกิดขึ้นกับสัตว์ทะเล ได้แก่สิ่งแวดล้อมเป็นพิษ สิ่งที่แวดล้อมสัตว์ทะเลอยู่ก็คือน้ำทะเล ถ้าเมื่อใดน้ำทะเลในบริเวณหนึ่งบริเวณใดมีอันต้องเสื่อมเสียแล้วกลายเป็นพิษหรือที่เรียกว่า น้ำเสีย ก็อาจทำให้สัตว์ทะเลที่อาศัยอยู่ในบริเวณนั้นล้มตายหรือหลบหายไปได้มาก น้ำเสียอาจเกิดขึ้นได้จากเหตุใหญ่สองประการประการแรกเกิดขึ้นตามธรรมชาติ โดยแพลงตอน ซึ่งปกติมีล่องลอยอยู่ในทะเลและเป็นอาหารของสัตว์ทะเล ถ้าเมื่อใดแพลงตอนเกิดเป็นพิษแล้วถ่ายสิ่งเป็นพิษลงไปในน้ำทะเลเป็นบริเวณกว้าง พิษจากแพลงตอนทำให้สัตว์ทะเลไม่อาจดำรงชีวิตอยู่ได้ต้องตายไปคราวละมาก ๆประการที่สอง น้ำเสียอาจเกิดขึ้นจากมนุษย์เป็นผู้ทำให้เสีย สาเหตุเนื่องจากมนุษย์ทิ้งสิ่งของเสียหรือสารเป็นพิษลงในแม่น้ำลำคลองและในทะเล ทำให้น้ำเสีย เป็นที่อยู่อาศัยของสัตว์ทะเลบางชนิดไม่ได้อีกต่อไป และทำให้สัตว์ทะเลต้องตายลง ตัวอย่างเช่น การปลูกสร้างโรงแรมหรือที่พักติดทะเลแล้วปล่อยน้ำเสียและสิ่งของใช้แล้วลงในทะเล หรือการเลี้ยงกุ้งกุลาดำในบ่อติดทะเลแล้วปล่อยน้ำเสียจากบ่อกุ้งลงทะเลเหล่านี้เป็นการทำให้น้ำทะเลเสียทั้งสิ้น

แหล่งอาหารและถิ่นอาศัยถูกทำลาย

การทำลายถิ่นอาศัยและแหล่งอาหารของสัตว์ทะเลเป็นสาเหตุใหญ่ที่ทำให้สัตว์ทะเลลดจำนวนลงอย่างรวดเร็ว ซึ่งถ้าไม่แก้ไข สัตว์ทะเลก็จะทยอยกันสูญพันธุ์หมดไปในไม่ช้า ตัวอย่างเช่น การทำลายป่าชายเลนอันเป็นแหล่งอาหารและที่หลบภัยและที่วางไข่ของสัตว์ทะเลมากมายหลายชนิดเพื่อใช้พื้นที่ทำนากุ้ง การใช้ระเบิดจับปลาในแนวปะการังอันเป็นการทำลายปะการังและปลาใหญ่น้อยที่อาศัยอยู่ในแนวปะการัง ให้สูญสิ้นไปในชั่วเวลาเพียงไม่กี่วินาที การใช้อวนลากลากไปตามเขตน้ำตื้นใกล้ชายฝั่งอันเป็นการทำลายหญ้าทะเลซึ่งเป็นอาหารของเต่าทะเลและพะยูน

แหล่งอาหารและถิ่นอาศัยถูกทำลาย

มนุษย์จับสัตว์ทะเลเพื่อใช้เป็นอาหาร ใช้ในอุตสาหกรรมอาหารกระป๋อง และทำเครื่องใช้ เครื่องประดับมีค่า นับวันความต้องการสัตว์ทะเลเพื่อใช้เป็นอาหารสำหรับพลโลกมีเพิ่มมากขึ้นทุกที ได้มีการใช้วิธีการทางวิทยาศาสตร์และเครื่องทุ่นแรงเพื่อช่วยให้สามารถจับสัตว์ทะเลได้อย่างมีประสิทธิภาพ เป็นสาเหตุให้สัตว์ทะเลมีจำนวนลดน้อยลงเพราะเกิดใหม่ไม่ทันกับจำนวนที่ถูกจับไป การแก้ไขในเรื่องนี้ทำโดยส่งเสริมให้มีการเพาะเลี้ยงสัตว์ทะเลเพื่อให้มีจำนวนเพิ่มมากขึ้น ห้ามจับปลาในฤดูที่
ปลาวางไข่ ห้ามจับลูกปลาที่ยังไม่โตเต็มที่ เหล่านี้เป็นต้น