โครงสร้างลำไส้เล็ก มีลักษณะคล้ายท่อขดไปมาอยู่ในช่องท้องยาวประมาณ 7-8 เมตร แบ่งเป็น 3 ตอน คือ
- ดูโอดีนัม (duodenum) ยาวประมาณ 30 cm มีรูปร่างเหมือนตัวยู คลุมอยู่รอบๆ บริเวณส่วนหัวของตับอ่อนและน้ำดีจากตับมาเปิดเข้าจึงเป็นตำแหน่งที่มีการย่อยเกิดขึ้นมากที่สุด
- เจจูนัม (jejunum) ยาวประมาณ 2 ใน 5 ของลำไส้เล็กหรือประมาณ 3-4 เมตร
- ไอเลียม (ileum) เป็นลำไส้่เล็กส่วนสุดท้ายปลายสุดของไอเลียมต่อกับลำไส้ใหญ่