3. หลักฐานจากคัพภะวิทยาเปรียบเทียบ
       ในบางกรณีที่ไม่สามารถ ศึกษากายวิภาคเปรียบเทียบในระยะตัวเต็มวัยได้ แต่เมื่อศึกษาการเจริญเติบโตในระยะเอ็มบริโอแล้ว พบว่าใช้เป็นหลักฐานสนับสนุนการเกิดวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิตได้
จาก การเจริญเติบโตของเอ็มบริโอของสัตว์มีกระดูกสันหลังระยะแรกๆ จะเห็นว่ามี อวัยวะบางส่วนที่คล้ายคลึงกัน เช่น ช่องเหงือก(gill slit) และหาง เป็น ต้น ความคล้ายคลึงกันของการเจริญเติบโตในระยะเอ็มบริโอนี้อาจเป็นไปได้ว่า สัตว์มีกระดูกสันหลังเหล่านี้ต่างมีวิวัฒนาการมาจากบรรพบุรุษเดียวกัน แต่มีการปรับเปลี่ยนรูปร่างอันเป็นผลมาจากการวิวัฒนาการเพื่อให้เหมาะสมต่อการ ดำรงชีวิตในสภาพแวดล้อมที่แตกต่างกัน



ภาพ การเจริญเติบโตในระยะต่าง ๆ ของสัตว์มีกระดูสันหลัง
ที่มา : http://biohong6.exteen.com/images/clip0076.jpg
4. หลักฐานด้านชีววิทยาระดับโมเลกุล
       จากการศึกษาอัตราของมิวเทชั่นที่เกิดขึ้นในสภาวะที่เป็นธรรมชาติของดีเอ็นเอ พบว่าอัตราการเกิดมิวเทชั่นต่ำมากและค่อนข้างคงที่การเปลี่ยนแปลงกรดอะมิโนแต่ละโมเลกุลที่เกิดขึ้นในสายของโปรตีน
กินเวลาหลายล้านปี เช่น การเปลี่ยนแปลงกรดอะมิโนในไซโตโครมซี 1 โมเลกุลใช้เวลานานถึง 17 ล้านปี ดังนั้นคนเริ่มแตกต่างจากลิงซีรัสเมื่อ 17 ล้านปีมาแล้วเพราะมีกรดอะมิโนแตกต่างกัน 1 โมเลกุล ดังนั้น สิ่งมีชีวิตที่มีความใกล้ชิดทางสายวิวัฒนาการจะมีความแตกต่างของนิวคลีโอไทด์น้อย และถ้าแตกต่างกันมากจะมีสายวิวัฒนาการแตกต่างกันมากขึ้น จากการศึกษาพบว่าลิงซิมแพนซีมีความใกล้ชิดกับคนมากที่สุด
ตารางแสดงจำนวนของกรดอะมิโนที่แตกต่างกันไซโตโครมซีของคน ลิงซีรัส กระต่าย และม้า

ลิง

กระต่าย

ม้า

คน

1

9

12

ลิงซีรัส

-

8

11

กระต่าย

-

-

3


สรุปจากตาราง
- คนเริ่มมีไซโตโครมซี แตกต่างจากลิงซีรัส เมื่อ 17 ล้านปี
- คนเริ่มมีไซโตโครมซี แตกต่างจากม้า เมื่อ 204 ล้านปี
5. หลักฐานทางชีวภูมิศาสตร์
       ภูมิอากาศและภูมิประเทศเป็นตัวกําหนดที่ทําให้ มีการกระจายของพืช และสัตว์แตกต่างกันไปโดยอยู่กับความเหมาะสมของสภาพแวดล้อมนั้นๆ สิ่งกีดขวางต่างๆ เช่น ภูเขา ทะเลทราย ทะเลมหาสมุทรเป็นผลให้มีการแบ่งแยกและเกิดสปีชีส์ในที่สุด เช่น การเกิดสปีชีส์ของกุ้งที่ต่างกัน 6 สปีชีส์ จากเดิมที่มีเพียงสปีชีส์เดียว แต่การเปลี่ยนแปลงและการเคลื่อนขยับของแผ่นทวีป ทำให้กุ้งเหล่านี้ถูกแยกจากกัน โดยสภาพทางภูมิศาสตร์ และต่างก็ต้องปรับตัวให้เข้ากับสภาพแวดล้อมเมื่อเวลาผ่านไป ลักษณะความแตกต่าง จึงเพิ่มขึ้นเรื่อยจนไม่อาจผสมพันธุ์กันได้อีก เกิดเป็นกุ้งต่างสปีชีส์ขึ้น



ภาพ การเกิดสปีชีส์ใหม่ของกุ้งในมหาสมุทรแปซิฟิกและทะเลคาริเบียน
จากกุ้งสปีชีส์เดียวกันแต่ถูกแยกกันด้วยสภาพทางภูมิศาสตร์
ที่มา : http://www.ipecp.ac.th/cgi-binn/BP1/Program/chapter2/image1/ss9.gif