ปี พ.ศ. ๒๓๑๐ กรุงศรีอยุธยาถูกพม่ายกทัพเข้าตีจนบ้านเมืองแตกยับเยิน พม่าได้ทำลายบ้านเมืองเสียหายย่อยยับ เก็บเอาทรัพย์สินไป กวาดต้อนประชาชนแม้กระทั่งพระสงฆ์ไปเป็นเชลยเป็นจำนวนมาก วัดวาอารามถูกเผาทำลาย ครั้นต่อมาพระเจ้าตากสินมหาราชทรงเป็นผู้นำในการกอบกู้อิสระภาพ สามารถกอบกู้เอกราชจากพม่าได้ ทรงตั้งราชธานีใหม่ คือเมืองธนบุรี ทรงครองราชและปกครองแผ่นดินสืบมา ทรงบูรณะปฏิสังขรณ์วัดวาอารามและสร้างวัดเพิ่มเติมอีกมาก ทรงรับภาระบำรุงพระพุทธศาสนารวบรวมคัมภีร์พระไตรปิฎกจากหัวเมือง มาคัดเลือกจัดเป็นฉบับหลวง แต่ไม่ยังทันเสร็จบริบูรณ์ก็สิ้นรัชกาลเสียก่อน ต่อมา พ.ศ. ๒๓๒๒ กองทัพไทยได้อัญเชิญพระแก้วมรกตจากเวียงจันทน์มายังประเทศไทย ภายหลังพระองค์ถูกสำเร็จโทษเป็นอันสิ้นสุดสมัยกรุงธนบุรี

        โปรดให้ปฏิสังขรณ์วัดวาอารามต่าง ๆ ที่รกร้างปรักหักพังตั้งแต่ครั้งพม่าเข้าเผาผลาญทำลายและกวาดต้อนทรัพย์สิน ไปพม่า แล้วโปรดให้อาราธนาพระภิกษุสงฆ์เข้าจำวัดต่าง ๆ ส่วนพระไตรปิฎกยังเหลือตกค้างอยู่ที่ใด ก็โปรดให้คัดลอกสร้างเป็นฉบับหลวง แล้วส่งคืนกลับไปที่เดิม เรื่องสังฆมณฑล โปรดให้ดำเนินตามธรรมเนียมการปกครองคณะสงฆ์ที่มีมาแต่ก่อน โดยแยกเป็นฝ่ายคันถธุระและฝ่ายวิปัสสนาธุระ ฝ่ายคันถธุระดำเนินการศึกษาพระปริยัติธรรมให้เจริญ ส่งเสริมการสอนภาษาบาลี เพื่อช่วยการอ่านพระไตรปิฎก
ฝ่ายวิปัสนาธุระ โปรดให้กวดขันการปฏิบัติพระธรรมวินัยเป็นขั้น ๆ ไปตามภูมิปฏิบัติ

        ส่วนลัทธิอื่นๆ ในชั้นต้นสมเด็จพระเจ้าตากสินกรุงธนบุรี พระราชทานเสรีภาพในการนับถือศาสนา แต่ต่อมาข้าหลวงที่เข้ารีต ได้พยายามห้ามปรามชาวไทยปฏิบัติพิธีการทางศาสนา เช่น พิธีถือน้ำพระพิพัฒน์สัตยา ความขัดแย้งมีมากขึ้นเรื่อย ถึงกับจับพวกบาทหลวงกุมขังก็มี ในที่สุดพระองค์จำต้องขอให้บาทหลวงไปจากพระราชอาณาเขต แล้วห้ามชาวไทยนับถือศาสนาคริสต์ ตั้งแต่วันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ.2322