ราชวงศ์คาโรแลงเจียนสิ้นสุดไปในอาณาจักรแฟรงก์ตะวันออก ผู้นำเผ่าทั้งสี่ (แซกโซนี บาวาเรีย ฟรังโคเนีย สวาเบีย) จึงเลือกดยุคเฮนรีแห่งแซกโซนีเป็นกษัตริย์แห่งเยอรมนี (King of Germany) ใน ค.ศ. 955 ชาวแมกยาร์ (Magyars) หรือชาวฮังการี เป็นชนเผ่าเร่ร่อนจากเอเชีย บุกมาถึงเยอรมนี เข้าเผาทำลายปล้มสะดมหมู่บ้าน สร้างความเดือดร้อน แต่จักรพรรดิออตโตก็ทรงขับไล่พวกแมกยาร์ได้ในการรบที่เลคฟิล์ด (Lechfield) ตามการสนับสนุนของพระสันตะปาปา พระโอรสคือ พระเจ้าออตโต เข้าช่วยเหลือพระสันตะปาปาจากการยึดครองของกษัตริย์แห่งอิตาลี (อาณาจักรแฟรงก์กลาง) พระเจ้าออตโตนำทัพเข้าปราบยึดอิตาลี และได้รับการสวมมงกุฎจากพระสันตะปาปาเป็นจักรพรรดิออตโตที่ 1 (Otto I) ใน ค.ศ. 962 เป็นจักรพรรดิองค์แรกแห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์

            ใน ค.ศ. 1033 อาณาจักรเบอร์กันดี (Kingdom of Burgundy) ในฝรั่งเศสถูกผนวกเข้ากับจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ ทำให้จักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิมีอาณาเขตไพศาลทั่วยุโรปกลาง และยังแผ่ขยายไปทางตะวันออกปราบปรามชาวสลาฟต่าง ๆ ได้แก่ พวกเวนด์ (Wends) พวกโอโบเดอไรต์ (Oboderites) และพวกโปล (Poles) กลายเป็นแคว้นเม็คเคลนเบิร์ก (Mecklenburg) แคว้นโปเมอราเนีย (Pomerania) และแคว้นบรานเดนบวร์ก (Brandenburg) กษัตริย์แห่งโบฮีเมีย (Bohemia - Czech) ก็เข้าสวามิภักดิ์ ทำให้จักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์แผ่ขยายอิทธิพลทั้งทางการเมืองและภาษาวัฒนธรรมไปยังดินแดนของชาวสลาฟทางตะวันออก เรียกว่า Ostsiedlung

             อิเล็กเตอร์ทั้งเจ็ดแห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ ผู้เลือกจักรพรรดิจักรพรรดิเฮนรีที่ 4 ทรงต้องการจะรวบอำนาจในองค์การศาสนา เช่น การแต่งตั้งบิชอปต่าง ๆ มาอยู๋ที่พระองค์ แต่พระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 8 ทรงไม่ยินยอมจึงเกิดความขัดแย้งเรื่องการแต่งตั้งสงฆ์ (Investiture Controversy) พระสันตะปาปาทรงบัพพาชนียกรรม (ขับจากศาสนา) จักรพรรดิเฮนรีใน ค.ศ. 1072 ซึ่งเป็นโทษทีร้ายแรงยิ่งกว่าตายสำหรับคนสมัยนั้น และปลดจักรพรรดิเฮนรีจากตำแหน่ง ทำให้บรรดาขุนนางก่อกบฏแย่งอำนาจจากพระเจ้าเฮนรีและแยกตัว ทำให้พระเจ้าเฮนรียอมจำนน ใน ค.ศ. 1077 ทรงรอพระสันตะปาปาเท้าเปล่ากลางพายุหิมะที่คาโนสซา (Canossa) เพื่อขอขมาพระสันตะปาปา เป็นชัยชนะของฝ่ายศาสนาต่อฝ่ายโลก ให้อำนาจของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิเสื่อมลงแต่บัดนั้น จนใน ค.ศ. 1122 ทั้งสองฝ่ายจึงสงบศึกในโองการพระสันตะปาปาแห่งเมืองวอร์ม (Concordat of Worms)

 ราชวงศ์โฮเฮนสตาเฟน ( ค.ศ. 1138 ถึง ค.ศ. 1254)
จักรพรรดิเฟรเดอริคที่ 1 แห่งราชวงศ์โฮเฮนสเตาเฟน (Hohenstaufen) ทรงพยายามจะหยุดยั้งสงครามระหว่างพวกขุนนางในเยอรมนี โดยทรงแต่งตั้งดยุคเฮนรีแห่งแซกโซนี (Henry the Lion, Duke of Saxony) จากตระกูลเวล์ฟ (Welf) เป็นดยุคแห่งบาวาเรีย โดยเจ้าครองแคว้นเดิม คือมาร์เกรฟแห่งออสเตรีย (Margrave of Austria) ได้เลื่อนขั้นเป็นดยุค จักรพรรดิเฟรเดอริคทรงบุกอิตาลีเพื่อปราบกบฎและทำสงครามกับพระสันตะปาปาแต่อิตาลีรวมตัวเป็นสันนิบาตลอมบาร์ด (Lombard League) ต่อต้านพระจักรพรรดิและสนับสนุนพระสันตะปาปา พระเจ้าเฟรเดอริคทรงกริ้วและปลดดยุคเฮนรีที่ไม่ช่วยเหลือพระองค์ ยกบาวาเรียให้ตระกูลวิตเตลสบาค (Wittlesbach) และแตกแคว้นแซกโซนีแบ่งเป็นหลายส่วน

จักรพรรดิเฟรเดอริคที่ 2 ทรงพยายามจะยึดอิตาลีอีกครั้ง โดยฝ่ายของพระองค์ เรียกว่าพวกกิบเบลลีน (Ghibelline) ต่อสู้กับพวกเกล์ฟ (Guelph) หรือตระกูลเวล์ฟที่ไปเข้าข้างพระสันตะปาปา จักรพรรดิเฟรเดอริคทรงต้องการจะพ้นจากความวุ่นวายใขเยอรมนี จึงทรงมอบอำนาจให้เจ้าครองแคว้นต่าง ๆ ทำให้เจ้าครองแคว้นในเยอรมนีแยกตัวออกไปแตกกระจัดกระจายในสมัยพระเจ้าเฟรเดอริคที่ 2 พระสันตะปาปาทรงเอาชนะจักรพรรดิได้

 ใน ค.ศ. 1226 จักรพรรดิเฟรเดอริคทรงโปรดให้อัศวินทิวโทนิค (Teutonic Knights) ไปพิชิตชาวบอลติก (Balts) ที่ยังไม่เข้ารีตคริสต์ศาสนาทางเหนือในสงครามครูเสดทางเหนือ (Northern Crusades) ทำสงครามอย่างโหดเหี้ยมกับชาวพื้นเมือง ทำให้อิทธิพลของเยอรมันและคริสต์ศาสนาเข้าสู่บริเวณบอลติก จักรพรรดิเฟรเดอริคสิ้นพระชนม์ ทำให้ราชวงศ์โฮเฮนสเตาเฟนล่มสลาย จนกลายเป็นสมัยไร้จักรพรรดิ (Interregnum)