ประเทศญี่ปุ่นและไทยมีความสัมพันธ์มายาวนานกว่า 600 ปี ทั้งสองประเทศสถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตในวันที่ 26 กันยายน พ.ศ. 2430 ความร่วมมือระหว่างกันของทั้งสองประเทศครอบคลุมทั้งในด้านเศรษฐกิจ การเมือง สังคม และวัฒนธรรม ความสัมพันธ์ทางเศรษฐกิจระหว่างสองประเทศเติบโตขึ้นจากการขยายตัวกิจการของบริษัทญี่ปุ่นในประเทศไทยนับแต่ต้นพุทธศตวรรษที่ 25 (โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อค่าเงินเยนแข็งตัวขึ้นในพุทธทศวรรษที่ 2520)

การลงทุนของญี่ปุ่นในประเทศไทยนับเป็นอันดับ 2 ในเอเชีย (รองจากจีน) และทำให้มีชาวญี่ปุ่นมาอาศัยอยู่ในประเทศไทยเป็นจำนวนมากประเทศญี่ปุ่นเป็นประเทศคู่ค้าที่สำคัญที่สุดของไทยทั้งสองประเทศมีการทำข้อตกลงทวิภาคีหลายข้อ เช่นข้อตกลงความร่วมมือทางเทคโนโลยี (JTPP: Japan- Thailand Partnership Programme in Technical Cooperation) การจัดทำความตกลงหุ้นส่วนเศรษฐกิจไทย-ญี่ปุ่น (JTEPA:Japan-Thailand Economic Partnership Agreement) เป็นต้น จากการสำรวจความคิดเห็นในกลุ่มประเทศอาเซียน 5 ประเทศที่จัดทำในเดือนเมษายน พ.ศ. 2540 โดยกระทรวงการต่างประเทศญี่ปุ่น พบว่าคนไทยร้อยละ 98 เห็นว่าญี่ปุ่นคือมิตรประเทศ