ลำดับเหตุการณ์
 
พล.ต.ประพาศ ศกุนตนาค อ่านแถลงการณ์คณะปฏิรูปการปกครองฯ
ดูบทความหลักที่ ลำดับเหตุการณ์รัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2549
           บ่ายวันที่ 19 กันยายน มีคำสั่งจาก พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร เรียกผู้นำทุกเหล่าทัพเข้าประชุมร่วมกับคณะรัฐมนตรีที่ทำเนียบรัฐบาล แต่ไม่มีผู้นำเหล่าทัพคนใดเข้าร่วม (เว้นเสียแต่ พล.ต.อ. โกวิท วัฒนะ ผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ) ทำให้มีกระแสข่าวลือการปฏิวัติรัฐประหารแพร่สะพัดไปทั่วทำเนียบรัฐบาล ช่วงพลบค่ำมีข่าวว่ากำลังทหารหน่วยรบพิเศษจาก จ.ลพบุรี เคลื่อนกำลังเข้ากรุงเทพฯ
เวลา 18.00 น. นายสมชาย มีเสน ผู้จัดรายการวิทยุ F.M. 92.25 MHz นัดผู้ฟังรายการจำนวนหนึ่งเข้าพบ พล.อ.สนธิ ที่หน้ากองบัญชาการกองทัพบก (บก.ทบ.) เพื่อขอให้ทหารให้ความคุ้มครองกลุ่มผู้ชุมนุมพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตยที่จะชุมนุมขับไล่ พ.ต.ท.ทักษิณ วันพรุ่งนี้
          ประมาณ 21.00 น. กำลังทหารจากพลร่มป่าหวาย หน่วยสงครามพิเศษลพบุรี เข้ามาประจำการที่กองบัญชาการกองทัพบก
เวลา 22.00 น. ขบวนรถถังเคลื่อนเข้าคุมเชิงที่สะพานมัฆวานรังสรรค์และ ถ.ราชดำเนินไม่กี่นาทีต่อมา ทหารจำนวนมากออกมาตรึงกำลังตามถนนต่าง ๆ ตั้งแต่แยกเกียกกาย ผ่านมาถึง ถ.ราชสีมา บริเวณสวนรื่นฤดี สี่แยกราชตฤณมัยสมาคม(สนามม้านางเลิ้ง)โดยมีทหารแต่งกายลายพรางเต็มยศเป็นผู้ควบคุมกำลัง
          เวลา 22.54 น. โทรทัศน์รวมการเฉพาะกิจแห่งประเทศไทยออกอากาศทางสถานีทุกช่อง ขึ้นคำประกาศของคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข พร้อมขออภัยในความไม่สะดวก และเปิดเพลง "ความฝันอันสูงสุด" ประกอบ ด้านสถานีโทรทัศน์ซีเอ็นเอ็นและบีบีซีเผยแพร่ข่าวรถถังและกำลังทหารควบคุมสถานการณ์ภายในกรุงเทพมหานคร หลังจากนั้น พล.ต.ประพาศ ศกุนตนาค อดีตโฆษก ททบ.5 ได้อ่านแถลงการณ์คณะปฏิรูปการปกครองฯ ที่แสดงไว้ในหน้าจอก่อนหน้านี้ซ้ำถึงสองครั้ง
          เกือบเที่ยงคืน ผู้บัญชาทหารทุกเหล่าทัพเข้าเฝ้าฯ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ที่พระตำหนักจิตรลดารโหฐาน พระราชวังดุสิต
การกะเวลาก่อรัฐประหาร
          ในภายหลัง พลเอกสนธิ ได้ให้สัมภาษณ์ครั้งหนึ่งว่า การก่อรัฐประหารเดิมถูกวางแผนให้ดำเนินการเมื่อวันที่ 20 กันยายน เพื่อให้ตรงกับการเดินขบวนต่อต้านรัฐบาลครั้งใหญ่ที่กำหนดเอาไว้ล่วงหน้า เขาได้กล่าวอ้างถึง "ตัวอย่างที่เกิดขึ้นในโปรตุเกส" ซึ่งได้มีการเดินขบวนต่อต้านรัฐบาล พร้อมกับการก่อการปฏิวัติโดยกองทัพ ซึ่งโค้นล่มพระเจ้ามานูเอลที่ 2 แห่งโปรตุเกส และจัดตั้งสาธารณรัฐโปรตุเกสที่หนึ่ง การก่อรัฐประหารถูกเลื่อนขึ้นมาเป็นวันที่ 19 กันยายน ขณะที่รักษาการนายกรัฐมนตรียังคงปฏิบัติหน้าที่อยู่ในนิวยอร์ก พลเอกสนธิยังได้กล่าวอีกว่า ครั้งหนึ่งที่ พ.ต.ท. ทักษิณกำลังระบประทานอาหารกลางวันกับผู้บัญชาการทหารสูงสุด เขาได้ถามพลเอกสนธิว่า "คุณจะปฏิวัติผมหรือเปล่า" ซึ่งพลเอกสนธิก็ตอบว่า "ใช่" ซึ่งเป็นเรื่องที่ขัดแย้งกับแถลงการณ์ต่อสาธารณะซึ่งเขาปฏิเสธว่ากองทัพจะก่อการรัฐประหาร
           เดอะ เนชั่น ยังได้มีข้อสังเกตถึงการกะเวลาของการก่อรัฐประหาร โดยมีหลายกรณีที่เดียวข้องกับเลข 9 ซึ่งเป็นเลขมงคลอย่างยิ่งตามความเชื่อ การก่อรัฐประหารครั้งนี้เกิดขึ้นเมื่อวันที่ 19 เดือน 9 ปีพุทธศักราช 2549 หัวหน้าคณะรัฐประหาร พลเอก สนธิ บุญยรัตกลินได้ประกาศต่อสาธารณชนหลังจากการก่อรัฐประหารเมื่อเวลา 9.39 น.

ปฏิกิริยาของฝ่ายรัฐบาลและฝ่ายคณะรัฐประหาร
ฝ่ายรัฐบาล พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร
           เวลา 22.15 น. วันที่ 19 กันยายน พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร นายกรัฐมนตรี ได้ออกแถลงการณ์สถานการณ์ฉุกเฉินในเขตพื้นที่กรุงเทพมหานคร ผ่านดาวเทียม จากประเทศสหรัฐอเมริกา เผยแพร่ทางสถานีโทรทัศน์โมเดิร์นไนน์ทีวี แต่เมื่ออ่านแถลงการณ์ได้ 3 ฉบับ ก็มีกำลังทหารพร้อมอาวุธกลุ่มหนึ่งบุกเข้าไปยังสถานีฯ พร้อมออกคำสั่งให้หยุดการแพร่ภาพโดยทันที เป็นผลให้เจ้าหน้าที่สถานีฯ ต้องตัดสัญญาณการแถลงข่าวลงทันที
           จากนั้น พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร ได้ปรับกำหนดการที่จะขึ้นแถลงต่อสมัชชาใหญ่แห่งสหประชาชาติ แต่แล้วก็ยกเลิกการขึ้นแถลง จากนั้นจึงขึ้นเครื่องบินเที่ยวพิเศษ เดินทางออกจากนิวยอร์ก ไปกรุงลอนดอน ประเทศอังกฤษ เมื่อเวลา 16.00 น. วันที่ 20 กันยายน ตามเวลาในประเทศไทย
           มีข่าวว่าอดีตรัฐมนตรีในรัฐบาลของ พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร กำลังเดินทางไปสมทบกันที่ประเทศสิงคโปร์ เพื่อหารือในการตั้งครม.พลัดถิ่น โดยจะขอให้สหประชาชาติให้การรับรอง
ในที่ประชุมแกนนำ คปค. เมื่อวันที่ 23 กันยายน ในที่ประชุมได้กล่าวถึงการติดต่อจาก พ.ต.ท.ทักษิณ จากประเทศอังกฤษ เข้ามายังคณะปฏิรูปการปกครองฯ ด้วยว่า พ.ต.ท.ทักษิณได้ให้การยืนยันทางโทรศัพท์กับพลเอกสนธิ โดยระบุว่าพร้อมจะยุติการเคลื่อนไหวทางการเมืองในทุกกรณี และได้แจ้งให้รัฐมนตรีและสมาชิกพรรคไทยรักไทยทุกคนรับทราบ พร้อมจะปฏิบัติตามคำสั่งของหัวหน้าคณะปฏิรูปการปกครองฯ ทุกประการ และจะพักผ่อนกับครอบครัวในต่างประเทศ จนกว่าจะมีการตั้งนายกรัฐมนตรีคนใหม่ จึงจะเดินทางกลับประเทศไทย

 ฝ่ายคณะรัฐประหาร
           พล.อ.สนธิ บุญยรัตกลิน ผบ.ทบ.ในฐานะหัวหน้าคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข กล่าวชี้แจงต่อคณะทูตานุทูตจำนวน 43 ประเทศ ที่หอประชุมกิตติขจร ถึงการประกาศยึดอำนาจจากรัฐบาลพ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี ว่า การประกาศยึดอำนาจเพื่อนำไปสู่การปฏิรูปการปกครองประเทศ เป็นไปด้วยความเรียบร้อย และได้รับความร่วมมือจากประชาชน และสังคมเป็นอย่างดี โดยคาดว่าจากนี้ไปอีก 2 สัปดาห์จะสามารถจัดตั้งรัฐบาลชุดใหม่ และสรรหานายกรัฐมนตรีขึ้นมารักษาการแทน และจัดตั้งสภานิติบัญญัติ เพื่อนำไปสู่การร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่
           พล.อ.สนธิ กล่าวว่า จะยึดมั่นในหลักกฎบัตรสหประชาชาติและองค์กรระหว่างประเทศอื่น ๆ เพื่อผลประโยชน์ของชาติ พร้อมทั้งรักษาไว้ซึ่งสิทธิและจะปฏิบัติตามพันธกรณีในสนธิสัญญาหรือข้อตกลงที่ทำไว้กับนานาประเทศ ภายใต้หลักเกณฑ์แห่งความเสมอภาคโดยเคร่งครัด และจะส่งเสริมและรักษาไว้ซึ่งความสัมพันธ์อันดีที่มีอยู่ สำหรับชาวต่างประเทศ คณะทูตานุทูต กงสุล สถานเอกอัครราชทูต และองค์การระหว่างประเทศที่ตั้งอยู่ในประเทศไทยจะได้รับการคุ้มครอง
           จากนั้น พล.อ.สนธิ เปิดโอกาสให้สื่อมวลชนทั้งไทย และต่างประเทศ ซักถาม โดยยืนยันว่าจะปฏิบัติหน้าที่ไม่เกิน 2 สัปดาห์ และใช้เวลาไม่เกิน 1 ปีในการยกร่างรัฐธรรมนูญ เพื่อจัดให้มีการเลือกตั้งใหม่ ในราวต้นเดือนตุลาคม พ.ศ. 2550 และกำลังอยู่ระหว่างการสรรหาผู้ที่เหมาะสมจะมารับตำแหน่งนายกรัฐมนตรีรักษาการ ซึ่งจะมาจากคนกลางที่รักประชาธิปไตย และเทิดทูนสถาบันพระมหากษัตริย์
สำหรับการดำเนินการกับ พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรีนั้น จะเป็นไปตามกระบวนการยุติธรรม ตามที่ก่อนหน้านี้มีผู้ฟ้องร้องดำเนินคดีไว้ แต่ไม่มีแนวคิดที่จะตั้งคณะกรรมการขึ้นมาตรวจสอบบัญชีทรัพย์สินเหมือนที่เกิดขึ้นในยุค รสช. และยังไม่มีแนวคิดยึดหุ้นชินคอร์ป (SHIN) คืนจากกลุ่มเทมาเส็ก และจะประกาศยกเลิกคณะปฏิรูปการปกครองฯ ทันทีเมื่อสถานการณ์บ้านเมืองเข้าสู่ภาวะปกติ[20]
สำหรับพลเรือนที่มีข่าวว่าได้รับการทาบทามให้ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีและคณะรัฐบาล ได้แก่ นายอักขราทร จุฬารัตน, นายศุภชัย พานิชภักดิ์, หม่อมราชวงศ์ปรีดิยาธร เทวกุล, นายสุเมธ ตันติเวชกุล, พลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์, นายชาญชัย ลิขิตจิตถะ, นายปิยสวัสดิ์ อัมระนันทน์, นายเกริกไกร จีระแพทย์, นายไกรศักดิ์ ชุณหะวัณ, พลเอกปานเทพ ภูวนารถนุรักษ์
            ทันทีภายหลังการรัฐประหาร คณะรัฐประหารได้แต่งตั้ง โยกย้าย และถอดถอนบุคคลจำนวนมาก โดยส่วนใหญ่เป็นตำแหน่งใน กองบัญชาการคณะปฏิรูปการปกครอง คณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินและคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ รวมถึงข้าราชการและทหารตำรวจระดับสูงที่ใกล้ชิดกับรัฐบาลทักษิณและมีการเรียกให้อดีตรัฐมนตรีของรัฐบาลทักษิณเข้ารายงานตัว สำหรับรายชื่อบุคคลทั้งหมด ดูได้ที่ รายชื่อบุคคลที่ได้รับการแต่งตั้งถอดถอนหรือควบคุมโดยคปค.