ชนวนเหตุ-ลำดับเหตุ

ชนวนเหตุ
          พลเอก สนธิ บุญรัตกลิน เปิดเผยว่าได้ใช้เวลาประมาณ 7 เดือนในการเตรียมการก่อรัฐประหาร ซึ่งหมายความว่าเริ่มวางแผนในราวเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2549ซึ่งเป็นห้วงเวลาเดียวกับที่มีการเปิดตัวพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย ซึ่งเดิมทีแล้ว พลเอก สนธิ บุญยรัตกลินเคยรับประกันว่าจะไม่มีการยึดอำนาจของฝ่ายทหาร เมื่อเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2549
ในเดือนกรกฎาคม แม่ทัพภาคที่ 3 พลเอก สพรั่ง กัลยาณมิตร ได้ให้สัมภาษณ์ว่าการเมืองไทยอยู่ในระดับต่ำกว่ามาตรฐาน และความเป็นผู้นำที่อ่อนแอ เขายังกล่าวอีกว่าประเทศไทยมีระบอบประชาธิปไตยที่ไม่ถูกต้อง เมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม นักเคลื่อนไหวประชาธิปไตย ทวีวุฒิ จุลวัจนะ ได้โพสต์จดหมายเปิดผนึกบนเว็บบอร์ดการเมืองที่เป็นที่นิยมที่สุดในประเทศไทย โดยอ้างอิงจากแหล่งข้อมูลทางทหาร กล่าวว่า กองทัพและสนธิ ลิ้มทองกุลกำลังสมคบคิดในการวางแผนล้มล้างรัฐบาลทักษิณ และคืนอำนาจให้กับประชาชน หลังจากการปฏิรูปประเทศแล้ว เมื่อวันที่ 20 กรกฎาคม นายทหารกองทัพบกระดับกลางกว่าร้อยนาย ซึ่งถูกมองว่าเป็นผู้สนับสนุนของ พ.ต.ท. ทักษิณ ถูกบรรจุใหม่โดยกองบัญชาการทหารสูงสุด ทำให้มีข่าวลือว่ากองทัพแบ่งแยกออกเป็นฝ่ายที่สนับสนุนและฝ่ายที่ต่อต้านนายกรัฐมนตรี
          ต่อมา ในเดือนสิงหาคม มีรายงานเคลื่อนไหวของรถถังใกล้กับกรุงเทพมหานคร แต่ฝ่ายทหารกล่าวว่าเป็นการฝึกซ้อมตามกำหนดการ เมื่อต้นเดือนกันยายน ตำรวจไทยได้จับกุมนายทหารกองทัพบกจำนวน 5 นาย ซึ่งมีตำแหน่งในกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายใน หลังจากที่สามารถตรวจพบว่าหนึ่งในคณะนายทหารมีระเบิดซุกซ่อนอยู่ในรถ ซึ่งมีเป้าหมายมุ่งหน้าไปยังที่พักของนายกรัฐมนตรีตามข้อกล่าวหา ซึ่งสามในห้าของผู้ที่ถูกจับกุมถูกปล่อยตัวหลังจากการก่อรัฐประหาร
พฤศจิกายน 2549 สองเดือนหลังจากรัฐประหาร คมช. ได้ออก "สมุดปกขาว" ชี้แจงสาเหตุของการก่อรัฐประหารยึดอำนาจโดยมีสาระสำคัญ ได้แก่ การทุจริตผลประโยชน์ทับซ้อน การใช้อำนาจในทางมิชอบ การละเมิดจริยธรรมคุณธรรมของผู้นำประเทศ การแทรกแซงระบบการตรวจสอบทางการเมืองตามรัฐธรรมนูญ ข้อผิดพลาดเชิงนโยบายที่นำไปสู่การละเมิดสิทธิเสรีภาพและการบ่อนทำลายความสามัคคีของคนในชาติ

          อย่างไรก็ตาม บทวิเคราะห์จากหลายฝ่ายชี้ให้เห็นว่ายังมีสาเหตุอีกบางประการนอกเหนือจากเหตุผลของ คมช. ที่นำมาสู่รัฐประหาร เช่น ความขัดแย้งทางอำนาจที่เห็นได้จากการโยกย้ายนายทหารประจำปี รวมไปถึงความขัดแย้งระหว่าง พ.ต.ท.ทักษิณ กับประธานองคมนตรี