โครงการศึกษาจีโนมนั้นไม่ได้ทำเฉพาะมนุษย์เท่านั้น แต่ยังศึกษาจีโนมของสิ่งมีชีวิตชนิดอื่นๆ ที่มีความสำคัญในการศึกษาในเชิงชีววิทยาด้วย เช่น จีโนมของ E.coli  จีโนมของยีสต์ (Saccharomyces cerevisiae) จีโนมของแมลงหวี่ (Drosophilia melanogaster) และหนู (Mus musculus) สำหรับการศึกษาในพืชนั้นนักวิทยาศาสตร์ได้ร่วมกันศึกษาจีโนมของพืชใบเลี้ยงคู่ในวงค์ผักกาด (Arabidopsis thaliana L.) ซึ่งถือว่าเป็นพืชต้นแบบในการศึกษาชีววิทยาระดับโมเลกุลของพืช เนื่องจากมีขนาดจีโนมเล็ก ลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดของจีโนม Arabidopsis thaliana ได้รับการประกาศอย่างเป็นทางการในปี 2542 

          ส่วนข้าว (Oryza sativa L.) ถือเป็นพืชต้นแบบของพืชใบเลี้ยงเดี่ยว เนื่องจากมีขนาดของจีโนมเล็ก เมื่อเปรียบทียบในกลุ่มพืชใบเลี้ยงเดี่ยว การศึกษาจีโนมข้าวเป็นโครงการร่วมมือนานาชาติที่มีประเทศไทยเข้าร่วมในการศึกษาด้วย โดยทำการศึกษาลำดับนิวคลีโอไทด์ของโครโมโซมแท่งที่ 9 ปัจจุบันการศึกษาจีโนมของสิ่งมีชีวิตที่สำคัญดำเนินไปมากกว่าร้อยละ99 แล้ว ทำให้นักวิทยาศาสตร์ทราบคำตอบมากมายเกี่ยวกับโครงสร้างจีโนม การควบคุมการแสงออกของยีนต่างๆ ที่ส่งผลถึงการเจริญเติบโตและพัฒนา ตลอดจนวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิต คำถามต่อไปของนักวิทยาศาสตร์ จากลำดับนิวคลีโอไทด์อันมากมายที่ประกอบขึ้นเป็นจีโนมนี้ ส่วนใดเป็นยีนและมีหน้าที่อย่างไร ซึ่งยังต้องศึกษาวิจัยต่อไป