การปกครองสมัยอยุธยาตอนกลาง  ( 1991-2231) มีลักษณะดังนี้
                 ช่วงเวลาทางการเมืองสมัยอยุธยาตอนกลางได้มีการปฏิรูปเปลี่ยนแปลงการปกครองให้เหมาะสมกับสภาพการณ์ ทางการเมือง โดยมีสถาบันกษัตริย์เป็นหลักในการปกครองแบ่งได้ 2 ช่วงช่วงที่ 1  เป็นช่วงสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ   ทรงปรับปรุงการปกครองใหม่เนื่องจากปัจจัยหลายๆอย่างเช่น เศรษฐกิจ ควบคุมหัวเมืองได้ไม่ทั่วถึง    และเมืองลูกหลวงหรือเมืองหน้าด่านมีอำนาจมากขึ้น และมักแย่งชิงบัลลังก์อยู่เนืองๆ ประกอบกับอาณาเขตที่กว้างขวางกว่าเดิมพระองค์ได้จัดการแยก ทหารและ   พลเรือนออกจากกัน และจัดการรวมอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลาง ทำให้ราชธานีมีอำนาจมากขึ้น มีการควบคุมเข้มงวดมากขึ้น  มีการปฏิรูปการปกครองแยกเป็น 2 ส่วน คือส่วนกลางและหัวเมือง
        สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถแยกการปกครองส่วนกลางเป็น  2  ฝ่าย คือ ทหารและพลเรือน    ทหาร มี สมุหกลาโหมดูแล  ส่วนพลเรือนมี  สมุหนายก  ดูแล     
สมุหนายก มีอัครมหาเสนาบดีตำแหน่ง สมุหนายก ดูแล ข้าราชการฝ่ายพลเรือนทั้งในราช   
สมุหกลาโหม มีอัครมหาเสนาบดีตำแหน่งสมุหพระกลาโหมเป็นผู้ดูแลฝ่ายทหาร ทั้งในราชานีและหัวเมือง    และยังได้ปรับปรุงจตุสดมภ์ภายใต้การดูแลของ  สมุหนายก  อัครมหาเสนาบดีผู้ดูแลปรับเปลี่ยนชื่อเป็น ออกญาโกษาธิบดีการปฏิรูปส่วนหัวเมือง  แยกเป็น 3 ส่วนหัวเมืองชั้นใน   ยกเลิกหัวเมืองลูกหลวง จัดตั้งเป็นเมืองชั้นใน  ทรงขุนนางไปครองเรียก  ผู้รั้ง
        หัวเมืองชั้นนอก คือหัวเมืองประเทศราชเดิม ถูกผนวกเป็นส่วนหนึ่งของอยุธยาเรียกว่า  เมืองพระยามหานคร  จัดการปกครองใกล้ชิด เช่น พิษณุโลก นครศรีธรรมราช เป็นเมืองชั้นเอก โท และตรี
        เมืองประเทศราช  คือเมืองชาวต่างชาติที่ยอมอยู่ใต้อำนาจ เช่น ตะนาวศรี ทะวาย เขมร ให้เจ้านายพื้นเมืองเดิมปกครอง ส่งบรรณาการและกองทัพมาช่วยเวลาเกิดสงคราม
     ช่วงที่ 2  ตรงกับสมัยพระเพทราชา  ถ่วงดุลอำนาจทางทหารโดยให้สมุหกลาโหม  และสมุหนายก ดูแลทั้งทหารและพลเรือน  โดยแบ่ง หัวเมืองใต้ ให้สมุหกลาโหมดูแลหัวเมืองทางใต้และพลเรือน  ส่วนพลเรือนและทหารฝ่ายเหนือให้  สมุหกลาโหมดูแลการปกครองสมัยอยุธยาตอนปลาย ( ใ นช่วง 2231-2310)  มีลักษณะดังนี้
            พอถึงสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ ครองราชย์ ทรงปรับเปลี่ยนอำนาจทางทหาร เพื่อถ่วงดุลมากขึ้นโดย ให้พระโกษาธิบดีหรือพระคลัง ดูแลทหารและพลเรือนทางใต้ แทนสมุหกลา-โหม     ส่วนสมุหนายก  ยังคงเหมือนเดิม  การปรับปรุงเปลี่ยนแปลงการปกครองสมัยอยุธยาตั้งแต่ตอนต้นจนถึงตอนปลายนั้น กระทำเพื่อการรวมอำนาจสู่ศูนย์กลางให้มากที่สุด เพื่อถ่วงอำนาจ ระหว่างเจ้านาย และ ขุนนาง ไม่ให้เป็นภัยต่อพระมหากษัตริย์นั้นเองเข้าใจชัดแล้วใช่ไหมว่า ทำไมอยุธยาต้องปรับปรุงเปลี่ยนแปลงการปกครองค่อนข้างบ่อยเหตุผลก็เพื่อความมั่นคงของสถาบันกษัตริย์ที่เป็นหลักในการปกครองนั่นเอง      สรุป การปกครองสมัยอยุธยามีการปรับปรุงให้เหมาะสมกับสถานการณ์ทางการเมืองโดยมีจุดมุ่งหมายที่สำคัญคือพยายามรวมอำนาจการปกครองสู่ส่วนกลาง และควบคุมการปกครองหัวเมืองต่างๆให้มีประสิทธิภาพเพิ่มขึ้น พร้อมกับพยายามจัดรูปแบบการปกครอง เพื่อถ่วงดุลอำนาจกับกลุ่มเจ้านายและขุนนาง ซึ่งเป็นกลไกสำคัญในการปกครอง ดังนั้น สมัยอาณาจักรอยุธยาจึงเกิดการแย่งชิงอำนายทางการเมืองระหว่างพระมหากษัตริย์  เจ้านาย และขุนนาง  ตลอดจนสิ้นอยุธยา