การปฏิบัติตนเพื่อป้องกันโรคฉี่หนู หลีกเลี่ยงการเดินอยู่ในบริเวณน้ำท่วมขัง การเล่นน้ำ โดยเฉพาะในเด็กที่มักจะสนุกสนานไปกับการย่ำน้ำหรือเล่นน้ำในช่วงน้ำท่วม แต่หากจำเป็นต้องเดินผ่านบริเวณน้ำท่วมอย่างเลี่ยงไม่ได้ ให้รีบเดิน อย่าแช่น้ำจนผิวหนังเปื่อยเพราะจะทำให้ติดเชื้อได้ง่าย และควรใส่รองเท้าบูททุกครั้งเมื่อเดินลุยน้ำ เพื่อป้องกัน ไม่ให้เกิดบาดแผลที่เท้า และป้องกันไม่ให้เชื้อโรคเข้าสู่บาดแผลที่เท้าหรือน่อง ทั้งยังช่วยป้องกันไม่ให้สัตว์ที่หนีน้ำกัดได้ ส่วนในผู้ที่เริ่มมีอาการปวดหัว ตัวร้อน ให้รีบไปพบแพทย์อย่างเร่งด่วน อย่ารอให้อาการหนักเพราะอาจจะรักษาไม่หายและเสียชีวิตก็เป็นได้