ข้อจำกัดของระบบเครือข่ายคอมพิวเตอร์

 - ลงทุนสูงและจัดการยุ่งยาก การเชื่อมต่อระบบเครือข่ายคอมพิวเตอร์ และการจัดการระบบเครือข่าย ต้องใช้เทคโนโลยีที่ยุ่งยากซับซ้อน ต้องอาศัยผู้ที่มีความรู้ความชำนาญ และมีประสบการณ์สูง จึงต้องใช้งบประมาณ การเริ่มต้นลงทุนสูงมาก อีกทั้งเทคโนโลยีของเครือข่ายคอมพิวเตอร์ เปลี่ยนแปลงไปเร็วมาก จำเป็นต้องมีงบประมาณ เพื่อปรับปรุงระบบให้ทันสมัยอยู่เสมอ 
          - การแบ่งทรัพยากรกันใช้นั้นอาจไม่สามารถใช้ทรัพยากรนั้นๆ ได้ทันทีทันใด เพราะหากมีการเรียกใช้ทรัพยากรเดียวกันจากคอมพิวเตอร์ 2 เครื่องพร้อมกัน เช่น การใช้เครื่องพิมพ์โดยเครื่องพิมพ์นั้นมีการใช้งานจากคอมพิวเตอร์ตัวอื่นอยู่ก่อนหน้าแล้ว งานพิมพ์ของเราก็จะต้องเข้าคิวรอการทำงาน
          - ขาดแคลนซอฟต์แวร์ประยุกต์ ระบบเครือข่ายปัจจุบัน ยังขาดแคลนซอฟต์แวร์ประยุกต์ ด้านต่าง ๆ ทำงานภายใต้สภาพแวดล้อม แบบเครือข่ายอยู่มาก เพราะการพัฒนา ต้องใช้ความรู้ความชำนาญสูง ต้องใช้เวลาในการพัฒนา จึงจะสามารถสร้างซอฟต์แวร์ประยุกต์ใช้งานด้านต่าง ๆ ได้
          - การรักษาความปลอดภัย ในระบบเครือข่ายคอมพิวเตอร์ ยังขาดความปลอดภัยในด้านการรักษาข้อมูลอยู่มาก มีโอกาสที่จะถูกผู้อื่นแอบเข้ามาเอาข้อมูลได้จากหลาย ๆที่ หรืออาจมีข้อมูลสูญหายได้ ในขณะติดต่อสื่อสาร เนื่องจากมีข่าวสารในระบบอยู่มาก 
          - ความเร็วในการรับส่งข้อมูลต่ำ ในระบบเครือข่ายระยะไกล เช่น อินเทอร์เน็ต การเรียกใช้ข้อมูลในไฟล์ผ่านระบบเครื่อข่ายนั้นจะมีความเร็วที่ช้ากว่าการเรียกใช้ข้อมูลกับฮาร์ดดิสก์ในเครื่องของตน ตัวกลางนำที่ใช้ ในการนำสัญญาณ ยังมีอัตราความเร็วในการรับส่งข้อมูลต่ำ เมื่อเทียบกับการสื่อสารด้วยโทรศัพท์ หรือโทรทัศน์ โดยเฉพาะข้อมูลที่เป็นภาพนิ่งและภาพเคลื่อนไหว เพราะไฟล์มีขนาดใหญ่มาก